安全保护系统对任何仪器设备都是很重要的。为保证整机设备和人身安全，对于用户来说，我们设计分配了2 级的安全级别，即管理者和操作者。管理者可以修改工艺和参数，而操作者只能执行程序，查阅程序参数。
不论是工作在自动工作方式，还是手动维护方式，输出量的互锁保护都是非常重要的。为防止误操作，我们设计了互锁电路和程序互锁的2 级互锁。条件不充分按错键时，系统给予提示不执行错误命令。系统中还增添了某些重要参数的安全区域报警或警告。通过红黄绿三色报警灯和讯响器的控制动作，分别实现各种情况的警示。如工艺过程中工艺气体充气流量稍低于设定流量时，给予黄灯讯响警告仍然继续工作，压力恢复后流量转为正常，绿色指示灯亮。但当流量低于设定的下限时，红灯点亮报警，停止工艺进程
镀膜机通过用户的使用和生产，证明整个程序化自动控制系统满足了用户的使用要求。控制系统界面清晰友善、编程简单、操作方便、数据查阅迅速、系统稳定可靠、工艺重复性好，光学减反射膜层的透射率等性能指标完全符合航天高性能GaAs 太阳电池的要求，并为今后提高GaAs 太阳电池的减反射膜层性能提供了良好的平台。
尽管如此，电子束蒸发镀膜机的发展在国内已有几十年，技术虽不断提高，但比较国外先进技术还有一定差距，特别是高端领域。本文对电子束蒸发镀膜机所应用的控制技术国际上虽然不是很新的技术，但此方面控制系统的应用，在国内生产的真空应用设备上还很少，且要能长期工作稳定可靠，还有很大的发展空间，这是和国内真空行业在高端真空应用设备上的整体发展水平相关的。
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